Los temas de investigación con los que se ha comprometido el Programa incluyen la justicia transicional, la economía política del conflicto, las negociaciones de paz, el estado y la violencia en Colombia, el género y la memoria, los aspectos psicosociales del conflicto, la relación entre sector privado y construcción de paz, el comportamiento electoral en contextos violentos y la internacionalización de los conflictos armados.

Las investigaciones del Programa han sido financiadas por el Crisis States Programme del London School of Economics, el United States Institute of Peace (USIP), el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), el Social Science Research Council (SSRC), el Banco Mundial, el Departamento Canadiense de Asuntos Externos y Comercio Internacional (DFAIT), el International Development Research Centre (IDRC) de Canadá, International Alert, la Gesellschaft für Internationale Zusammenarbeit (GIZ), el Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación-Colciencias, Ecopetrol, la Vicedecanatura de Investigaciones y Posgrados de la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad de los Andes y la Vicerrectoría de Investigaciones de la misma universidad.

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